Правоохранители считают, что одной из возможных причин преступления являются высказывания покойного о мусульманском народе. В протоколах упоминается о религиозных мотивах убийства. Такая информация появилась благодаря опросу родных и близких одного из командиров батальона чеченцев Руслана Геремеева. Удалось выяснить, что у Геремеева интересовались, насколько его и его родственников задевали слова Немцова о мусульманах.
Отметим, что у политика осталась жена Раиса и четверо детей. Правоохранительные органы кроме исламистской версии трагедии рассматривают также и версию, связанную с внутриукраинскими событиями, а также убийство с целью дестабилизации политической обстановки.